编者按:数字植物学,一次一个故事
数字植物学专题特刊

编者按:数字植物学,一次一个故事

随着 Botany One 的数字植物学专题即将结束,本文回顾了数字生物多样性革命背后的人员、平台和幕后劳动。

https://www.botany.one/editorial-reflection-digital-botany-one-story-at-a-time/

您认识会喜欢这个的人吗?

这个月真是太难熬了。我们已经走过了一半。 《植物学一号》数字植物学专题英国皇家植物园(邱园)发布了 2026年世界植物和真菌状况报告时机再好不过了。

该报告于 6 月 16 日发布,展现了数字生物多样性革命的规模:超过 145 亿份保存的植物和真菌标本记录现已成为全球数字生物多样性景观的一部分,该报告借鉴了来自 40 个国家 170 多个机构的 400 多名科学家的研究成果。

本期专题从更近的视角讲述了同样的故事。它展现了这场变革的全貌,让我们得以与那些记录背后的人们——植物学家、策展人、种子库保管员、真菌学家、数据管理员、软件开发人员、艺术家、志愿者、学生、公民科学家、社区合作伙伴以及作家——进行对话,正是他们让数字植物学成为可能。

报告指出,数字生物多样性革命正在进行中。我们的期刊则聚焦于:“看看是谁在引领这场革命”。

我们数字植物学专题特刊中介绍的部分人物。资料来源:Jenifer C. Lopes 博士、Thorsten Krömer 博士、Carlos Lehnebach、Lucy Schrader、María Susana Sánchez Chávez、Bob Allkin。 达鲁实验室/北极植物野外考察:努纳武特 2023.

我们的专题文章逐篇解读

设置框架

起源:植物如何成为数据

  • 将植物转化为数据:一段深刻的人类体验 本期杂志以Ana Valladares的问答开篇,探讨了为什么标本不会简单地“变成数据”。野外考察、标签、分类学、当地环境、不确定性和人为判断都至关重要。
  • 如何追踪2万份作物种质资源 带我们走进作物基因库,在那里,保存种子也意味着管理赋予种子意义的数据,这些数据对于粮食安全、育种和农业韧性至关重要。
  • 数字化如何赋予标本更多意义 利用 Greta Stevenson 的真菌收藏来展示数字化如何将标本与收藏家、网络、档案和被忽视的科学贡献重新联系起来。

构建:数字馆藏背后的工艺

揭秘:隐藏的故事和新的道路

应用:从记录到决策

背后 我们的 场景

由于本期杂志报道了许多幕后故事,我们也觉得应该分享一些我们自己的故事。在SOTWPF报告发布之前,我们已经围绕四个阶段构建了一个大致的框架:起源、构建、揭示和应用。电子表格看起来很简洁。但实际操作过程,一如既往,更注重人性化。

《数字植物学专题》的规划表。最终的期刊内容随着故事的发展而有所调整,但这个框架帮助我们从植物数据的来源过渡到工具、隐藏的故事和应用决策。

我非常幸运能与八位才华横溢的撰稿人共事。对许多人来说,这是他们第一次撰写博客文章、采访他人,或是将技术性话题转化为面向公众的文章。这绝非易事。这意味着要提出有价值的问题、认真倾听、跟进报道、委婉地删减内容、核实事实、寻找图片、整理授权信息、修改图片说明,有时甚至要花费大量时间来斟酌一句话是否足够准确。 

我喜欢看着粗略的想法变成精彩的故事。我喜欢看到作者们逐渐建立起自信。我喜欢探索那些看似无关的细节:版权、公共领域图片、拉丁文名称、标本编号、含义模糊的俗名、略显大胆的论断、相互矛盾的统计数据,以及需要反复核对的图片说明。这些细节看似微不足道,却构成了科学传播可信度的重要组成部分。我们的文章篇幅稍长,是因为我们舍不得删减故事。 

优秀的科学写作不仅仅是解释结果,更重要的是尊重结果背后的人、证据和历史。我们都非常关心我们的受访者。

认识一下《植物学特刊》的撰稿人。从左上到右下:Ana Valladares、Filippo Guzzon、Ben Carson、Magda Upton,(第二排)Alisa Abramovich、Carlos A. Ordóñez-Parra、Erika Alejandra Chaves-Diaz 和 Juniper Kiss。资料来源:作者。

可信故事的小型基础设施

这个问题也让我意识到,科学传播在多大程度上依赖于读者可能从未注意到的基础设施。在 Botany One 网站上,“阅读更多”部分的参考文献使用了 正确引用研究人员可以通过以下方式联系: ORCID可以通过诸如以下工具追踪博客: Altmetric

Altmetric 尤其为研究人员提供了一种实用的方法,可以了解科学文章发表后的传播情况。它通过将 DOI 等标识符与新闻媒体、博客、政策文件、专利、维基百科、参考文献管理软件和社交媒体等来源中的提及进行匹配,来追踪研究成果在网络上的关注度。Altmetric 关注度评分 (AAS) 则将这种关注度汇总为一个加权指标,而非衡量研究质量的指标。 

例如,AAS 表明 保护研究和公众关注可能存在偏向于魅力型哺乳动物的倾向。相比之下,植物、爬行动物和两栖动物受到的关注较少。随着研究人员在不同的数字平台之间转换,这些指标也会发生变化。例如,曾经有…… Bluesky对科学论文的提及量急剧上升 2024 年美国大选之后,这提醒我们,推广数据不仅反映了研究兴趣,还反映了科学界选择在网络上聚集的地方。

我们还尽可能使用 DOI 添加超链接,以便读者(希望)即使期刊网页发生变化,也能始终被引导至正确的文章。

Altmetric 收录了 Ana Valladares 在 Botany One 上发表的文章“揭开人与植物之间的联系”,其中讨论了 Hart等人的论文 关于如何利用数字植物标本馆来增强民族植物学研究的能力。即使是博客文章也能留下有用的数字痕迹。

图片是给我们的新撰稿人上的另一堂课。开放许可门户网站,例如 维基共享资源, Flickr, 蒂帕帕博物馆在线馆藏iNaturalist 这使得我们可以利用获准使用的图片来生动地讲述故事。但正确使用图片仍然需要时间:检查许可、注明创作者姓名和链接来源。

就连协调工作也融入了一些自动化元素。我们的 Google 云端硬盘文件夹和草稿文档都是在以下方面的帮助下准备的: Google Apps脚本它悄然将电子表格变成了一个可用的编辑系统,确保每个人都能访问自己的工作区,但共享资源。

一个简短的应用脚本帮助我们创建了带有标签的 Google 云端硬盘文件夹,并整理了与本期内容相关的草稿文档。每一篇精雕细琢的文章背后,往往都凝聚着一套井然有序的工作流程,确保每个人都能高效运转。

我们还需要讨论什么

这个问题原本可能会持续数月之久。

我们力求涵盖不同地区、学科和视角,但仍有许多故事未能呈现。我们本应更多地报道来自非洲、亚洲、澳大利亚、太平洋地区和拉丁美洲的工作,以及那些鲜少受到关注的本地机构。

我们也需要继续坦诚地探讨馆藏背后的历史。植物标本馆、真菌标本馆、博物馆、种子库和档案馆都是极其宝贵的科学资源。但它们也与殖民主义、资源掠夺、获取途径不平等、精英主义以及标本被运离其原产地和原籍民族等历史事件息息相关。数字化并不能抹去这些历史。有时,数字化会让这些历史更加清晰地呈现在世人面前。有时,数字化也会带来新的风险,尤其是在缺乏充分思考的情况下,共享敏感地点、传统知识或具有重要文化意义的信息时。

所以未来不能简单地理解为“将一切数字化并放到网上”。

下一个挑战更加复杂:构建具有正确数据、正确人员和正确工作流程的实用数字平台,以便植物知识可以双向流动——从收藏到现实世界的决策,以及从人、地点和社区反哺到更好的科学。

更多的数据并不会自动带来更好的决策。即使有上百万条记录,如果名称不清晰、坐标缺失、格式无法访问、存在重复工作或工作流程文档不完善,仍然会让人束手无策。更糟糕的是,从地点、社区和馆藏中提取的数据可能变成另一个单向系统:知识外流,但回流到数据来源地——人们和环境——的却寥寥无几。 鲍勃·奥尔金指出只有当植物学以外的人也能找到、理解并安全地应用植物信息时,植物信息才是有用的。

正因如此,我们需要跳出自身的局限。不同的分类法、元数据标准、数据库、许可协议、词汇表和软件系统,对于它们的创建者来说或许合情合理,但对其他人而言却可能成为障碍。无法复现的工作流程、难以访问的记录以及连接不畅的平台,都会拖慢数字化本应支持的工作进度。

关键不在于建立一个能解决所有问题的完美系统,而在于搭建更好的桥梁:连接全球平台和本地馆藏,连接科学名称和常用名称,连接标本和决策,连接数据管理者和野外考察队,连接机构和社区。

数字植物学最重要的意义在于,当记录不再仅仅积累在数据库中,而是帮助人们更好地了解植物、真菌、收藏品以及它们所处的景观时。

数字植物学将标本、标签、图像、实物和人联系起来,使植物知识能够被查找、理解和利用。资料来源:Bridget Hatton/Kreuzer等人,2026/英国皇家植物园邱园理事会(CC BY)/M. Taniguchi Fonseca-Kruel等人,2025/基尤数据门户,皇家植物园,邱园(CC BY)/Te Papa(CA000888/022/0001)(CC BY)/Magda Upton

最后的总结

对于科学家而言: 我们看到了你,也为你感到骄傲。这里有一个了不起的社群,他们渴望了解你的经历和经验教训。请不要各自为政,分享方法,分享错误,谨慎负责地分享数据。放眼未来:看看SOTWPF报告,数百位科学家齐心协力能取得怎样的成就。未来还有更大的发展空间。

面向公民科学家和志愿者: 你的工作比你想象的更有价值。一张散步时拍摄的植物照片、一份抄录的标签、一份装裱的标本、一份修正后的鉴定结果,或者一个上午在植物标本馆帮忙,都可能成为更庞大证据库的一部分。当时你或许觉得这些工作微不足道,但实际上并非如此。

适用于数据人员、软件工程师和开发人员: 您的幕后工作使数字植物学成为可能。数据库、标识符、接口、应用程序接口 (API)、导出功能、脚本、标准和文档塑造了未来研究人员能够查找、信任和使用的内容。您或许觉得自己“仅仅”是在幕后默默工作,面对着自己那错综复杂的缩写和技术术语。感谢您对那些有时可能有点不切实际的科学家们的耐心,您值得享受所有的咖啡和蛋糕。

致艺术家和设计师: 感谢您为传播植物知识做出的贡献。艺术、插画、地图、展览和视觉叙事能够帮助人们关注、理解和关爱植物。我们需要您的帮助,以富有创意的方式传播植物知识、数据和馆藏的价值。

致记者和科学传播者: 请继续讲述这些故事。去参观植物标本馆、植物园、博物馆、图书馆和档案馆。与收藏背后的工作人员交谈。询问他们有趣的记忆和尴尬的细节。谨慎引用他人的话。认真阅读文献资料。让那些幕后默默奉献的人们感受到被关注。这往往是精彩故事的开端。

对于所有人: 请去观察你周围的世界。参观植物标本馆、植物园、博物馆、图书馆或档案馆,线上或线下皆可。拍摄植物照片。阅读标签。询问标本的采集者和来源。如果可以,请参与志愿服务。使用iNaturalist。支持本地标本馆。关注…… 世界植物和真菌状况研讨会分享那些让植物和真菌被世人所知的故事。

最终思考:数字植物学只有在记录、人员、平台和决策相互连接时才能发挥最佳效果。来源:Juniper Kiss

我必须承认,我原本想把这篇文章命名为“数字植物学:植物、人类、地球”,但这家优秀的期刊最终决定采用这个标题。 植物,人,行星 我们抢先一步,这感觉很贴切。我们报道的许多出版物都属于跨学科领域,这也说明了为什么我们需要期刊、博客和公共平台,为跨越数据、馆藏、人员和地点的研究工作提供空间。

数字生物多样性革命不仅仅关乎数据,更关乎人们如何记录、连接和保护我们这颗小小的星球。非常感谢您的阅读! “亲爱的读者”!

阅读更多:

普罗科普,P.Masarovič, R., Hajdúchová, S., Ježová, Z., Zvaríková, M., 和 Fedor, P. (2022) 基于 Altmetric 关注度评分衡量主要保护期刊中魅力动物的优先性。《可持续性》,14(24),第 170-29 页。可访问: https://doi.org/10.3390/su142417029

阿罗约-马查多,W., Robinson-Garcia,N.,以及 Torres-Salinas, D. (2025) Bluesky 中有明星吗?X 和 Bluesky 之间替代计量提及的比较探索性分析。《信息计量学杂志》,19(3),第 101700 页。可访问: https://doi.org/10.1016/j.joi.2025.101700.

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作者

Juniper Kiss

Juniper Kiss 是一位环游世界的植物科学家和数据爱好者,也是 Botany One 的客座编辑和前撰稿人,她喜欢美丽的地块、数字化解决方案、与土地所有者合作、荆棘和香蕉。

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