众所周知,工欲善其事,必先利其器。无论是野外采集植物进行科学研究,还是在厨房烹饪晚餐,合适的工具都至关重要。数字化亦是如此:将实物转化为可数字存储的数据和图像。近年来,自然历史和博物馆藏品的数字化进程日益加快。生物博物馆的藏品中包含着探险家们从世界各地采集的生物标本,其中一些已有数百年历史。虽然部分珍稀标本可能会在展览中向公众展出,但绝大多数仍将静静地等待着它们闪耀登场的时刻。
数字化提供了一个机会,可以对每件文物及其附带的任何信息(例如与其来源和身份相关的标签)进行全面编目。以这种方式对实物藏品进行数字化记录,可以有效防范诸如……之类的灾难性事件。 2018年摧毁巴西国家博物馆的大火或者物品丢失,例如 2023年大英博物馆体验除了便于管理馆藏之外,数字化还使那些无法亲身前往参观的人也能获取馆藏资源,并为研究和艺术创作创造了新的机遇,其规模之大,如果没有数字数据和图像库,是难以实现的。那么,如何才能将植物标本馆藏数字化呢?
《植物学一号》采访了加拿大农业及农业食品部(AAFC)生物标本馆生物多样性数据经理希瑟·科尔博士。科尔博士积极参与AAFC标本馆藏和生物资源的数字化推广和支持工作,包括制定和实施图像和数据采集、存储和共享标准。在过去的六年里,她致力于推动AAFC生物标本馆藏和生物资源的数字化。 生物标本收集和数据动员 在该项目中,科尔和她的团队每天拍摄多达 2,000 份植物标本,在整个项目过程中共拍摄了超过 600,000 万份标本。
数字化往往始于一个看似简单的问题:你是如何采集标本的?你使用了哪些设备和软件进行数字化?
我将数字化分为两大类:图像处理和数据转录。 DAO (加拿大农业及农业食品部国家维管植物收藏馆),我们使用两种不同的装置来对植物标本进行成像。一种是由……制造的高通量传送带系统。 生物共享数字化其中包括用于自动化传送带和相机的集成软件。它使用50mm微距镜头,可搭配佳能EOS 5DS R或尼康Z7 II相机。
加拿大农业及农业食品部国家维管植物收藏中心的高通量传送带
另一种方法是基于纽约植物园的模式,采用手动“灯箱”法。它使用一台相机,透过桌面盒子顶部的孔洞进行拍摄,从上方和三个侧面照亮标本。我们使用佳能 EOS 5D Mark II/III 相机,搭配 50mm 微距镜头,安装在翻拍架上。类似的装置可以通过良好的周围照明来复制。目前,DAO 植物标本馆正在使用 指定 作为其馆藏管理系统。尽可能将标本数据直接录入数据库;如果无法直接录入,则使用电子表格,并遵循达尔文核心数据库的数据结构标准。

但拍摄图像仅仅是开始。标本拍摄或扫描完成后,数字馆藏的真正价值取决于数据的结构、检查、链接和可重用性。您是如何管理数据(包括元数据)和进行质量保证的?
数字化过程中的这些方面都充满挑战。它们需要工具、专业知识和时间,而这些资源并非总是唾手可得,而且很难在现有资源与未来或理想状态之间找到平衡。在成像流程中,我们在每个工作站进行颜色校准,以确保标本颜色尽可能接近真实情况,但为了简化工作流程,我们不会针对每个不同的标本调整相机设置。对每张图像进行目视检查有助于发现质量问题。我们将加拿大农业及农业食品部 (AAFC) 的所有权、版权和许可信息嵌入到每个图像文件的元数据中,元数据中还包括拍摄照片所用的相机设置、日期以及登录机器的人员姓名。对于数据转录,我们提供标签数据解读方面的培训,并由高级技术人员进行抽查。将数据从电子表格导入数据库时,质量检查包括检查分类学和地理学的拼写,以及日期和地理坐标的格式。对于标本数据,我们会记录数据转录人员的姓名、转录日期以及相关的方案或项目。在我们目前的流程中, 公民科学 工作流程中,由三名不同的志愿者转录每个样本的信息,这大大提高了对数据质量的信心。

科尔精通英语和法语,她热衷于推进数据驱动的决策,并在团队内部培养创新文化。在开始数字化馆藏之前,你希望自己知道的一件事是什么?
不要使用电子表格进行数据录入!这看似最简单的解决方案,但除非您有专门的人员和软件来审核、清理数据并将其导入数据库,否则很快就会出现问题。市面上有许多免费的馆藏管理软件系统,甚至通用数据库通常也可以根据您的需求进行配置。虽然选择、设置和学习使用合适的系统最初可能需要更长时间,但其带来的益处却是巨大的。专用数据库或馆藏管理系统提供更可靠、更一致、更具可扩展性的数据管理功能,使您在数字化工作不断发展的同时,也能更轻松地维护和访问数据。

凭借丰富的经验,科尔倡导数字数据管理的最佳实践,并成功实施了多个公民科学项目,持续提升加拿大农业及农业食品部(AAFC)生物多样性信息的获取途径。她在版权和许可管理方面的努力,进一步推动了AAFC数据资产的负责任管理。此外,她对开放数据和开放科学倡议的投入,也体现了她对科学研究透明度和协作性的重视。
科尔的建议将数字化回归其本质:优质的图像固然重要,但完善的系统同样至关重要。一个成功的数字化项目需要与馆藏相匹配的设备、确保记录可重复使用的数据标准,以及能够持续扩展而不至于陷入电子表格迷宫的工作流程。真正做好数字化,不仅仅是拍摄标本,更重要的是让馆藏更易于管理、共享、研究和长期保护。
特约撰稿人简介
玛格达(她/她的)是一位英国/波兰生态学家,目前居住在英国伦敦。她接受过野外生态学家的培训,于2023年转型从事植物标本数字化和管理工作。这使她先后在皇家植物园邱园和南伦敦植物研究所工作,并将于今年秋季加入都柏林圣三一学院。
封面图片:一个样本 栋贝亚 伯吉斯 来自邱园植物标本馆,该标本馆已完成数字化处理(http://specimens.kew.org/herbarium/K004979670)