针叶树进化中的一个主要且长期存在的争议涉及亚科柏亚科（Cupressaceae）之间的系统发育关系 刺柏, 柏树 和 棕桧-红桧-黄桧 (HCX) 进化枝。 Mao (毛氏) 等. 使用转录组数据重建它们的系统发育关系。
所有的树构建方法都为关系提供了强有力的支持（HCX，（刺柏, 柏树)), 尽管强烈支持个体基因树之间的冲突。 快速的进化分歧和不完整的谱系分类可能共同作为基因树之间以及我们的稳健结果与最近发表的研究之间相互矛盾的系统发育推断的来源。 随后的分析产生了更清晰的生物地理历史图景，但对以前的分子测年工作进行了微小的改变。
